Нужно отключить иммобилайзер

Похоже, твой файл уже изменён: обширное заполнение значением 0xC3 и блок 0xFF посередине характерны для файла с отключённым иммобилайзером или сброшенного в исходное состояние, а не для оригинального чтения. Строка TSW V2.40 подтверждает, что это прошивка EDC15C4, но без исходного чтения именно из твоего ЭБУ я не могу проверить полноту файла и его совместимость с E46 330d 2001 года.

Для записи на столе имеющимися у тебя инструментами:

• MPPS16 или Kess V2 могут работать с EDC15C4 на столе (требуется подключение BDM).
• Размер файла 512 КБ соответствует полной прошивке, поэтому, если вариант подходит к твоему оборудованию, следует записывать весь BIN-файл.

Перед записью уточни аппаратный и программный номера ЭБУ: обычно они есть на наклейке или читаются через OBD. Если файл изначально получен не из твоего блока, есть риск несовместимости. У тебя есть оригинальный дамп или этот файл взят из другого источника?