Это работает в обе стороны — инструмент поддерживает конвертацию из BIN в HPT и из HPT в BIN, то есть конвертация не односторонняя.
Скорее всего, необработанный BIN не загружается потому, что путь BIN→HPT ожидает BIN, который был изначально извлечён из HPT этим же инструментом. HPT-файлы содержат метаданные сегментов (адреса, размеры), которые используются для обратной сборки оболочки HPT. В обычном BIN, считанном напрямую на столе или снятом с чипа, такой разметки сегментов нет, поэтому инструменту не из чего восстановить структуру HPT.
С каким vehicle/ECU вы работаете и откуда взят BIN — экспорт из HPT, чтение на столе или что-то ещё? Это поможет понять, подходит ли для вашего случая путь BIN→HPT или сначала нужен другой вариант.